为学生的终身发展服务,培养具有现代理念、严格自律、基础扎实、能力全面、身心健康、人格成熟、个性鲜明、富于创造的现代公民。教育理念:让学生在思考、实践和创造活动中成长和发展。学校的座右铭：良好的教学和学习。学校精神：诚信，追求美与和谐。教学风格：注重真理，追求新奇与真实。学校口号：给孩子一个新的教育。经营学校的概念：人的方向和治理。让每个孩子得到最好的发展，让每个家庭享受最大的幸福。
学校本科教育涵盖医、理、工、管、经、法6 个学科门类，设有26 个专业。研究生教育涉及医学、理学2 个学科门类，其中，一级学科授权点4个，专业学位授权类别5 个，二级学科授权点29 个（含一级学科覆盖点）。有国家级特色专业1 个、省级特色专业9 个、国家级专业综合改革试点专业1 个、省级专业综合改革试点专业11 个，省级重点学科2 个、“十三五”省临床优先发展重点专科1 个、省临床重点专科3 个、省临床重点培育专科2 个。
学校重视师资队伍建设和学科带头人培养。现有专任教师656人，其中高级职称276人。近年来有7 名教师分别荣膺全国、全省优秀教师光荣称号，13 人享受国务院特殊津贴，现有省高校学科拔尖人才2 人，省学术和技术带头人7 人、后备人选13 人。
学校注重教学科研团队和平台建设。现有省级人才培养模式创新实验区1 个，省级教学团队8 个，省级卓越人才教育培养计划7 项，省级精品资源课程23 门，省级示范实验实训中心3 个。有国家药物临床试验机构1个、国家中医药管理局三级实验室1 个、省级重点实验室等省级科研平台3个、省级校企合作实践教育基地4 个，公开出版《皖南医学院学报》《中国临床药理学与治疗学》2 种学术期刊。
学校积极开展对外交流与合作，先后与美国、英国、德国等国家以及香港、台湾地区的高校及研究机构广泛开展学术合作交流；与美国Barrow神经病研究所、安徽海关（原安徽出入境检验检疫局）、南京军区南京总医院、先声药业集团等国内企事业单位和科研院所开展实践教学、科研攻关等方面的合作。
学校始终坚持人才培养中心地位，深化实践教育、社会责任教育和创新创业教育“三位一体”人才培养模式改革，促进人才培养质量不断提高。毕业生深受用人单位和社会各界好评，就业率始终保持在97％以上，位居全省高校前列，多次荣获省就业工作先进单位称号。建校以来，已为国家输送了近六万名医疗卫生人才，为我省乃至全国的医疗卫生事业发展作出了积极的贡献。
在60 年的办学历程中，学校秉承“精医、尚德、求实、自强”的校训，发扬“艰苦创业，求实自强，奉献社会”的皖医精神，实施“质量立校、学科引校、特色兴校、人才强校、依法治校”五大发展战略，努力建设地方特色高水平大学的发展目标。面对新形势新任务，学校将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持“以本为本”，坚持“四个回归”，坚持内涵式发展，全面提升办学实力和人才培养质量，办好人民满意的大学，为建设“五大发展”美好安徽、服务人民大众健康、全面小康做出新的更大贡献。
