学校有20个国家中医药管理局重点学科。2003年以来，作为福建省重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，带动其它相关内涵建设的发展，取得显著成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。2017年，临床医学学科进入ESI全球排名前1%行列。2020年，学校入选福建省“双一流”建设——一流学科建设高校行列，其中中西医结合、中医学入选福建省A类高峰学科，中药学、护理学、药学入选福建省高原学科,临床医学、管理学入选福建省应用型学科。
学校有2个国家发展和改革委员会国家地方联合工程研究中心，1个教育部省部共建重点实验室，1个国家中医药管理局中医康复研究中心，3个国家中医药管理局重点研究室，8个国家（局级）三级科研实验室，1个国家中医药管理局中医药文献检索中心，2个省级“2011协同创新中心”，18个省级各类重点实验室、基地及工程技术研究中心。先后有670项科研成果受到国家和省市的奖励，其中国家级科研成果奖12项。“十二五”以来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题3084项，其中国家级项目207项，省部级项目669项；获省部级以上奖励54项,特别是在国家科技支撑计划项目、“973计划”项目、国家自然科学基金重点项目、海峡两岸科技合作联合基金项目等国家级项目上取得突破。
学校有4所直属附属医院，其中附属康复医院成为国内首家通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院;有18所非直属附属医院、7所临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。有康复、肛肠、脾胃、外科等4个国家临床重点专科，17个国家中医药管理局重点专科、专病。屏山校区设立国医堂医院，为社会提供服务。
学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值3.4亿多元，纸质图书129万册、电子图书88万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，被授予“全国中医药文化建设先进单位”和“全国绿化模范单位”荣誉称号，已连续七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明学校”荣誉称号，并被授予福建省首届“文明校园”荣誉称号。推进节约型校园建设，被确定为全国第一批“节约型公共机构示范单位”创建单位。
学校是内地第一所招收台湾学生的中医药院校，现有各类在校海外学生近400名，在澳大利亚、美国、东南亚和台港澳等地的校友已成为当地中医药界的骨干力量；先后举办了11届两岸中医药学术研讨会，形成了博士、硕士、本科、专科、短期进修等多层次、多规格、多形式的对台教育格局。学校还与美国、澳大利亚、德国、马来西亚、瑞典、芬兰、丹麦、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了交流合作关系。
在新的发展阶段，学校以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉承“大医精诚，止于至善”的校训精神，进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，服务“海丝”核心区和福建自贸区，高水平、有特色的教学研究型中医药大学。
